Me encontré con esta peculiaridad al investigar un problema no relacionado que afecta cómo se manejan los proyectos de Studio en VS Code.
Cuando añadís el nivel superior de la webapp a un %Studio.Project, esto inserta un %Studio.ProjectItem con un sufijo .DIR. Por ejemplo, si Studio o VS Code están conectados al espacio de nombres USER y añadís la webapp /csp/user a un proyecto, el nombre del nuevo ProjectItem es "csp/user.DIR".